Cyanine3 là một fluorophore được sử dụng rộng rãi trong các thí nghiệm sinh học phân tử như đánh dấu oligonucleotide và phát hiện oligonucleotide. Theo đặc điểm quang phổ của nó, Cyanine3 là thuốc nhuộm có huỳnh quang tối đa ở bước sóng 570 nm trong dải phổ màu vàng. Cyanine3 photphoramidite 5′ được sử dụng trong quá trình tổng hợp oligonucleotide để sản xuất các oligonucleotide có nhãn 5′-cyanine3. Là chất tương thích với các chất tổng hợp oligonucleotide khác nhau. Phosphoramidite này có thể được sử dụng để tổng hợp các mồi có nhãn huỳnh quang và các đầu dò lai như TaqMan và Beacon. Các đầu dò được dán nhãn như vậy có thể được phát hiện bằng phương pháp multiplex real-time PCR trong kênh TAMRA.